Σύμφωνα με ιστορικές ενδείξεις, βορείως και νοτίως της σημερινής πόλης του Κιλκίς, φαίνεται ότι άκμασαν αντιστοίχως δύο Επισκοπές υπαγόμενες στη Μητρόπολη Θεσσαλονίκης από τον 4ο αιώνα και εξής. Πρόκειται για την Επισκοπή Δοβήρου, στην ευρύτερη περιοχή της σημερινής Δοϊράνης (μαρτυρείται από τον 4ο αιώνα έως τον 13ο) και για την Επισκοπή Καλλίκου νοτίως του Κιλκίς (6ος –8ος αι.).
Στα μέσα του 10ου αιώνα στην περιοχή αναφέρεται η Επισκοπή Πολυανής, στην οποία προσαρτίστηκε η Επισκοπή Λητής και Ρεντίνης (επανιδρύθηκε τον 18ο αιώνα) και η Επισκοπή των Βαρδαριωτών Τούρκων. Πρόκειται για Ούγγρους της ίδιας φυλετικής καταγωγής με τους Τούρκους, που είχαν εγκατασταθεί στην περιοχή του Αξιού ποταμού και είχαν εκχριστιανισθεί.
Η Επισκοπή Πολυανής και Βαρδαριωτών (ο β τίτλος εξέπεσε συν τω χρόνο) αναφέρεται στις ιστορικές μαρτυρίες του 15ου αιώνα και εξής ως Επισκοπή «Πολεανίνης ή Πολιαννίνης ή Πολιανής ή Πολυανής» με έδρα την Δοϊράνη, η λίμνη της οποίας αναφέρεται και ως λίμνη της Πολυανής. Μέχρι το 1922, όπως και οι Επισκοπές Κίτρους, Καμπανίας, Ιερισσού και Αγίου Όρους και Πέτρας, υπαγόταν την Επισκοπική Σύνοδο της Μητροπόλεως Θεσσαλονίκης, η οποία καταργήθηκε με απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου τον Νοέμβριο του 1924. Με την ίδια πατριαρχική εγκύκλιο ρυθμίστηκαν οι Επαρχίες των Νέων Χωρών και ανυψώθηκαν οι Επισκοπές σε Μητροπόλεις.
Στα τέλη του 19ου αιώνα τα όρια της Επισκοπής Πολυανής περιελάμβαναν την υποδιοίκηση (καζάς) Δοϊράνης (έδρα Δοϊράνη), Γευγελής (έδρα Γευγελή), Αβρέτ Ισάρ (έδρα Κιλκίς) και ορισμένα χωριά της διοικήσεως Θεσσαλονίκης μεταξύ των ποταμών Αξιού και Γαλλικού, όπως το Τόψιν (Γέφυρα), το ΄Ιγγλις (Αγχίαλος) και ο Βαθύλακκος.
Την ίδια εποχή μέχρι και τη λήξη των Βαλκανικών πολέμων (1913) η Επισκοπή Πολυανής δέχτηκε την πίεση της βουλγαρικής εξαρχίας, των προσηλυτιστικών δράσεων των ουνιτών (έδρασαν για ένα μικρό διάστημα μέσω βουλγάρων Ουνιτών) και των σερβικών διεκδικήσεων. Ο στόχος του σλαβικού τότε επεκτατισμού επικεντρωνόταν στην διεκδίκηση των ελληνικών σχολείων και των ελληνορθοδόξων ιερών ναών, ώστε να ελέγχεται η γλώσσα και η συνείδηση των κατοίκων της περιοχής και να υπάγονται απ’ ευθείας στη βουλγαρική εξαρχία, βάσει ενός οθωμανικού νόμου που επεδίκαζε διαφιλονικούμενους ιερούς ναούς σε όποιους είχαν την πλειοψηφία των 2/3 του συνόλου των κατοίκων.
Ο προσηλυτισμός δια χρηματισμού, η δωροδοκία των οθωμανικών αρχών, οι απειλές και οι φονικές ενέργειες εις βάρος των ελληνοφώνων κατοίκων που ανήκαν στην δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου οδήγησαν σε σοβαρούς κινδύνους την ακεραιότητα της Επισκοπής Πολυανής. Οι αγώνες των Επισκόπων και οι περιπέτειες του ποιμνίου τους είναι κυρίως γνωστοί από την αλληλογραφία τους με τον Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης και τις σχετικές εκθέσεις, εφόσον οι κώδικες και η επιστολογραφία της Επισκοπής Πολυανής αποτεφρώθηκαν κατά τη λεηλασία και την πυρκαγιά του Επισκοπείου της Δοϊράνης το 1913 από τους Βουλγάρους.
Με τη συνθήκη του Βουκουρεστίου (1913), που σφράγισε τους δύο βαλκανικούς πολέμους, η Δοϊράνη, κέντρο με οικονομική και πολιτιστική άνθηση, σμικρογραφία βαλκανικής συνύπαρξης φυλών και θρησκειών, με δεσπόζον το ελληνικό στοιχείο, παραχωρήθηκε στη Σερβία. Το ποίμνιο της Επισκοπής, πρόσφυγες πλέον, εγκαταστάθηκαν στα γειτονικά χωριά της ελληνικής μεθορίου, στο Κιλκίς και στη Θεσσαλονίκη. Το Κιλκίς, γνωστό από την ομώνυμη αποφασιστική μάχη των Β΄ Βαλκανικών πολέμων, είχε δεχτεί συγχρόνως και πρόσφυγες από τη Στρώμνιτσα και κατέστη η έδρα της Επισκοπής Πολυανής. Με την ανταλλαγή των ελληνικών πληθυσμών που ακολούθησαν τη μικρασιατική καταστροφή του 1922, στην Επισκοπή Πολυανής εγκαταστάθηκαν πρόσφυγες από τον Εύξεινο Πόντο, την Ανατολική Θράκη, τα παράλια της Μ. Ασίας και την Καππαδοκία, οι οποίοι μαζί με τους προηγούμενους πρόσφυγες, τις νομάδες των Βλάχων και των Σαρακατσάνων και τους γηγενείς Μακεδόνες απετέλεσαν το πλήρωμα της Μητροπόλεως Πολυανής και Κιλκισίου, σύμφωνα με την Πατριαρχική απόφαση του 1924.
Τα όρια της Μητροπόλεως πλέον από το 1924 μέχρι το 1991 συνέπιπταν με τα διοικητικά όρια του Ν. Κιλκίς και περιελάμβαναν επίσης κεφαλοχώρια των δυτικών ορίων του Ν. Θεσσαλονίκης, της πάλαι ποτέ Επισκοπής των Βαρδαριωτών.Το έτος 1991 αποσπάστηκε από την Μητρόπολη το μισό περίπου τμήμα της, δυτικά της εθνικής οδού που οδηγεί από την κωμόπολη Γέφυρα (Τόψιν) στα σύνορα των Ευζώνων –Γευγελή, για να δημιουργηθεί η Μητρόπολη Γουμενίσσης, Αξιουπόλεως και Πολυκάστρου, με έδρα τη Γουμένισσα.